El curso de la enfermedad varía mucho de unos enfermos a otros y, así, puede presentarse en brotes, con remisión parcial o completa (forma recidivante-remitente) o de forma progresiva. Las formas en brotes evolucionan hacia formas secundariamente progresivas. Por eso, hay enfermos que permanecen prácticamente asintomáticos tras largos años de evolución, mientras que otros tienen brotes frecuentes y deterioro progresivo marcado o, incluso, un curso fulminante que lleva a la muerte.

Entre los síntomas iniciales se pueden incluir: visión doble o borrosa, distorsión del color rojo y verde, dolor en los ojos y pérdida de visión debidos a neuritis óptica, una inflamación del nervio óptico, dificultad para caminar, parestesias- dolor o sensaciones anormales, como entumecimiento, punzadas u hormigueo. Por otra parte, a medida que avanza la enfermedad, el paciente puede experimentar: debilidad en los músculos de las extremidades, dificultades de coordinación (pueden producirse problemas para caminar o estar de pie y también es posible una parálisis parcial o total), espasticidad -aumento involuntario del tono de los músculos que produce rigidez y espasmos-, fatiga (puede ser desencadenada por la actividad física y mejorar con el reposo, pero también puede tratarse de una fatiga constante y persistente), pérdida de sensibilidad, dificultades para hablar, temblores, mareos, pérdida auditiva, molestias del intestino y de la vejiga, depresión y cambios en la función sexual. Alrededor de la mitad de los pacientes presentan, además, trastornos cognitivos que suelen ser leves y difíciles de detectar y que se manifiestan como dificultades en la concentración, la atención y la memoria.